Нарадзіўся ў Фларэнцыі ў 1515 г., ва ўзросце 18 гадоў адмовіўся прыняць спадчыну і накіраваўся ў Рым, дзе вывучаў тэалогію і на працягу 16 гадоў працаваў хатнім наcтаўнікам у адной сям’і. Філіп вёў вельмі сціплае жыццё, напоўненае малітвай і пакаяннем; пэўны час супрацоўнічаў са св. Ігнацыем Лаёлам. Ночы ён часта праводзіў на малітве ў катакомбах, размешчаных пад горадам, і меў шмат містычных ласкаў і бачанняў. Падчас адной з такіх малітваў у катакомбах святога Себасцьяна ён убачыў вогненны шар, які ўвайшоў у ягоныя вусны, а яго сэрца пашырылася пад уздзеяннем нейкай невядомай велізарнай сілы. Гэтае здарэнне паўплывала на ўсё яго далейшае жыццё: ён прысвяціў сябе місіянерскай дзейнасці на вуліцах і плошчах Вечнага Гораду.
Нетрадыцыйнаю формаю апостальства і палымянымі казаннямі, поўнымі радасці, ён прыцягваў да сябе шматлікіх прыхільнікаў, аднак сярод духавенства ў яго было шмат непрыяцеляў, бо Філіп папракаў касцёльных дзеячаў у кан’юнктуры і прывязанасці да матэрыяльных выгодаў. У 1551 г. 38-гадовы Філіп Нэры прыняў святарскае пасвячэнне і далучыўся да супольнасці святароў, з якой праз год стварыў т. зв. «Араторый» — будучы закон аратарыянаў (філіпінаў).
Мэтай дзейнасці гэтай супольнасці апостальскага жыцця стала абуджэнне ў сэрцах людзей радасці ад блізкасці да Бога праз асабістую пабожнасць і энтузіязм. Філіп Нэры жыў гэтым кожны дзень і хутка апынуўся ў цэнтры ўвагі ўсяго Рыму. У араторыі — доме малітвы — збіраліся святары і свецкія вернікі, каб вывучаць Святое Пісанне і разам маліцца. Гэтая дзейнасць прыносіла багаты духоўны плён, дзякуючы чаму Філіпа Нэры пачалі называць апосталам Рыму. Ён быў блізкім сябрам святых Ігнацыя Лаёлы, Караля Барамэя і Францішка Сальскага. Па парады да яго звярталіся біскупы, кардыналы і Папы, ён быў аточаны ўсеагульнай любоўю.
Яму некалькі разоў прапаноўвалі кардынальскае званне, але ён адмаўляўся. Свой зямны шлях Філіп Нэры завяршыў 26 мая 1595 г. у келлі пры касцёле Санта Марыя ін Валічэла, дзе да гэтага часу ў капліцы св. Філіпа знаходзяцца яго рэліквіі. За вясёлую натуру Філіпа Нэры, які заўсёды быў гатовы да забаваў і добрых жартаў, часам называюць «святым камедыянтам», таму ён лічыцца апекуном гумарыстаў, а яшчэ яго заступніцтва просяць пры жаночай бясплоднасці і хваробах рук і ног.