Нарадзіўся 28 кастрычніка 1550 г. у Расткове (Польшча). У чатырнаццацігадовым узросце разам з братам пераехаў у Вену, каб вучыцца там у імператарскай гімназіі, якой займаліся езуіты. Там ён вырашыў сам уступіць у Таварыства Езуса, але бацькі не далі на гэта згоды, паколькі лічылі, што іх сын павінен зрабіць бліскучую свецкую кар’еру.
Нягледзячы на вельмі малады ўзрост, Станіслаў праявіў незвычайную паслядоўнасць і рашучасць. Не маючы яшчэ і семнаццаці гадоў, ён патаемна ўцёк з Вены ў Баварыю, разлічваючы, што яго прыме ў ордэн правінцыял нямецкіх езуітаў Пётр Канізій. Аднак там яго чакаў адмоўны адказ. Не губляючы надзеі, Станіслаў кіруецца ў Рым, і там нарэшце яго жаданне здзяйсняецца: у кастрычніку 1567 г. яго прымаюць у навіцыят. Ва ўрачыстасць Унебаўзяцця Найсвяцейшай Панны Марыі 15 жніўня 1568 г. Станіслаў Костка памірае ў арэоле святасці. Ён быў пахаваны ў рымскім касцёле святога Андрэя і ў 1726 г. кананізаваны. У Польшчы святы Станіслаў Костка лічыцца апекуном моладзі.