Бэнэдыкт XVI здзейсніў новыя прызначэнні ў ведамствах Ватыкана. Змены закранулі кіраўніцтва Кангрэгацыі Божага Культу і Дысцыпліны Сакрамэнтаў, Кангрэгацыі Евангелізацыі Народаў, Папскіх місійных справаў і Папскай камісіі «Ecclesia Dei», што дзейнічае ў рамках Кангрэгацыі Веравучэння.

Новым віцэстаршынёй Папскай камісіі «Ecclesia Dei» стаў арцыбіскуп Джозаф Аўгустын ды Ноя ОР, былы сакратар Кангрэгацыі Божага Культу і Дысцыпліны Сакрамэнтаў. На яго месца быў прызначаны біскуп Артур Рашэ, былы ардынарый Лідс (Вялікабрытанія).

Пантыфік прыняў таксама адстаўку 75-гадовага арцыбіскупа Пьерджузэпэ Вакэлі з пасады дапаможнага сакратара Кангрэгацыі Евангелізацыі Народаў і старшыні Папскіх місійных справаў. Яго наступнікам на гэтых пасадах стаў біскуп Пратасэ Ругамбва, былы ардынарый дыяцэзіі Кігома ў Танзаніі.