Павел нарадзіўся ў 1562 г. у Японіі ў сям’і вайсковага капітана. У езуіцкім калегіуме атрымаў хрысціянскае выхаванне, а ў васемнаццацігадовым узросце сам уступіў у ордэн езуітаў. Неўзабаве ён стаў адным з найбольш вядомых прапаведнікаў у Японіі, дзе напрыканцы XVI ст. жыло каля 700 тысяч вызнаўцаў Хрыста. Аднак у 1590-я гады адносіны да хрысціянаў у грамадстве рэзка пагоршыліся і пачаўся іх суровы пераслед.
Перш за ўсё рэпрэсіі ўладаў закранулі місіянераў. У студзені 1597 г. Павел Мікі і шмат яго паплечнікаў былі кінуты ў вязніцу і аддадзены на катаванне. 5 лютага на плошчы ў Нагасакі Павел і яшчэ 25 мужчын, яго свецкіх памочнікаў, былі ўкрыжаваны і так прынялі смерць, спяваючы гімны і праслаўляючы Бога. Яны з’яўляюцца прадстаўнікамі вялізнай колькасці хрысціянскіх мучанікаў, забітых у тыя часы у Японіі.
