Нарадзіўся 24 чэрвеня 1386 г. у Капэстрано (Італія) у шляхецкай сям’і імігрантаў. Атрымаў юрыдычную адукацыю і пэўны час быў суддзёю ў Пэруджы. Падчас адной з бітваў у горадзе трапіў у палон, дзе перажыў унутранае навяртанне. Апынуўшыся на волі, Ян, маючы каля трыццаці гадоў, уступіў у ордэн францішканцаў (перад гэтым яго сужэнства было прызнана несапраўдным). Неўзабаве ён стаў блізкім сябрам і паплечнікам святога Бэрнардына з Сіены — вялікага прапаведніка і народнага місіянера.
Стаўшы святаром у 1417 г., Ян Капістран на працягу сарака гадоў абвяшчаў слова Божае па ўсёй Еўропе, у тым ліку ў Сілезіі, Чэхіі і Венгрыі, стаўшы адным з найбольш вядомых вандроўных прапаведнікаў XV ст. Яго казанні збіралі вялізныя натоўпы слухачоў, а Папа, уражаны яго аўтарытэтам, некалькі разоў прызначаў Яна сваім легатам. Яну Капістрану ўдавалася мірыць феадалаў і цэлыя гарады, якія варагавалі паміж сабою. У бітве з туркамі пад Белградам ён з крыжам у руках стаў на чале амаль разбітага хрысціянскага войска і натхніў яго на наступ, які прынёс перамогу. Ян Капістран памёр 23 кастрычніка 1456 г. на тэрыторыі сучаснай Харватыі.
