Нарадзіўся 14 снежня 1884 г. у вёсцы Семакіўка ў Заходняй Украіне ў грэка-каталіцкай сялянскай сям’і, дзе быў старэйшым з дзевяці дзяцей. У 18-гадовым узросце паступіў у духоўную семінарыю ў Станіслававе (сёння Івана-Франкоўск), адкуль быў скіраваны на далейшую вучобу ў Рым, дзе атрымаў ступень доктара тэалогіі.
Прыняўшы ў 1909 г. святарскае пасвячэнне, становіцца выкладчыкам і духоўным айцом у семінарыі ў Станіслававе. Выкладае ў Духоўнай акадэміі ў Львове, а ў 1919 г. уступае ў законную супольнасць рэдэмптарыстаў. Нясе адданае душпастырскае служэнне на Валыні, дзе царкоўныя структуры былі амаль цалкам знішчаныя пры царскім рэжыме. У 1926 г. прызначаны Апостальскім Візітатарам для мясцовых грэка-католікаў, а ў 1931 г. Папа Пій ХІ мянуе яго біскупам. Біскупскае пасвячэнне Мікола Чарнецкі прыняў у Рыме з рук благаслаўлёнага біскупа Рыгора Хамышына, пасля чаго працягвае адданае служэнне католікам усходняга абраду на ўкраінскіх тэрыторыях, якія ў той час знаходзіліся ў складзе Польшчы.
11 красавіка 1945 г. быў арыштаваны савецкімі ўладамі і асуджаны на шэсць гадоў лагераў у Сібіры. На падставе толькі афіцыйных дадзеных, перанёс не менш за 600 гадзін допытаў і катаванняў у НКВД, прайшоўшы праз 30 розных вязніц і лагераў. У 1956 годзе, калі яго здароўе было канчаткова падарванае, ён нарэшце атрымлівае дазвол вярнуцца на Радзіму. Безнадзейна хворы біскуп працягвае патаемна выконваць свае абавязкі. Нягледзячы на страшныя жыццёвыя выпрабаванні, Мікола Чарнецкі вылучаўся евангельскай цярплівасцю, лагоднасцю і незвычайнай дабрынёю, дзякуючы чаму ўжо пры жыцці яго лічылі святым. Ён памёр 2 красавіка 1959 г. у Львове і разам з шэрагам іншых украінскіх мучанікаў — ахвяраў савецкага рэжыму, быў беатыфікаваны Папам Янам Паўлам ІІ падчас яго Апостальскага падарожжа на Украіну у 2001 г. У Грэка-каталіцкай Царкве яго ўспамін адзначаецца 27 чэрвеня.
