Кардынал Мастаі-Ферэцці быў абраны Папам ва ўзросце 54 гадоў. Яго лічылі поўнай супрацьлегласцю яго папярэдніку — Грыгорыю XVI, які пры жыцці не давяраў будучаму Пію IX з-за ліберальных поглядаў апошняга.
У першыя гады Пантыфікату Пія ІХ пачалася рэформа мытных тарыфаў, свецкія асобы атрымалі права ўваходзіць у склад ураду Папскай вобласці. Ён амнісціраваў вялікую колькасць палітычных вязняў, падтрымаў план па індустрыялізацыі Папскай вобласці.
Дзякуючы ўсім гэтым дзеянням хутка пасля свайго абрання Пій ІХ стаў самай папулярнай палітычнай фігурай на тэрыторыі ўсяго Апенінскага паўвострава. Аднак у 1848 г., калі ў Еўропе адбылася цэлая серыя рэвалюцый, пазіцыя Папы стала менш трывалай. У многіх дзяржавах Апенін з’явіліся канстытуцыйныя акты.
Дакумент такога тыпу з’явіўся і ў Папскай вобласці, у адпаведнасці з якім у ёй быў створаны кабінет міністраў, які выбіраўся.
Рэвалюцыйны рух 1848 года ў італьянскіх дзяржавах быў звязаны з супрацьстаяннем Аўстрыі. Яшчэ ў 1815 годзе Венскі кангрэс замацаваў яе права на валоданне Ламбардыяй і Венецыяй.
Паўсюль на тэрыторыі Апенін у 1848 г. гучалі заклікі выступіць супраць аўстрыйцаў і выгнаць іх з паўвострава. Папа не мог падтрымаць гэтыя ідэі, бо яны мелі на ўвазе агрэсію супраць каталіцкай дзяржавы, якой з’яўлялася Аўстрыя. Аднак для яго было крайне важна вызначыць сваю пазіцыю ў рэвалюцыйным руху.
Вынікам стала прамова, з якой звярнуўся Пій ІХ 29 красавіка 1848 г. Ён аб’явіў, што не гатовы ўзначаліць рух за аб’яднанне Італіі.
Італьянцы павінны адмовіцца ад ідэі аб’яднання краіны і прысягнуць у адданасці кіраўнікам сваіх дзяржаў. З-за гэтых заяваў Папа перастаў быць такім папулярным дзеячам таго часу, якім ён лічыўся раней. Пій ІХ аказаўся твар у твар з рэвалюцыяй.
На працягу сямі месяцаў пасля сваёй прамовы Папа намагаўся трымаць сітуацыю пад кантролем. Калі ж першы міністр, граф Пелегрыно Россі, быў засечаны ля ўваходу ў рымскі палац Канчэллярыа, Пій ІХ усвядоміў, што ў Рыме яму заставацца небяспечна.
4 лістапада 1848 года, заручыўшыся дапамогай французскага пасла і баварскага міністра, ён пераапрануўся ў простага святара, пакінуў свой палац на Квірынале і накіраваўся ў Гаэту. Там да яго далучыўся кардынал Антанэллі разам з невялікай світай. Неапалітанскі кароль Фердынанд II аказаў яму цёплы прыём і пасяліў Пія ІХ у сваім загарадным палацы, дзе той стварыў невялікую курыю і працягнуў весці справы Святога Пасаду.
Першы этап барацьбы скончыўся, і ў ходзе яго Аўстрыя дамаглася відавочнага поспеху. Яна не толькі вярнула сабе поўны кантроль над Венецыяй і Ламбардыяй, але і заключыла сепаратны мір з Неапалем, а Рым увогуле капітуляваў. У стратэгічных адносінах сітуацыя змянілася мала.
Аўстрыя захавала кантроль над большасцю сваіх тэрыторый. Аднак у палітычным плане адбыліся сур’ёзныя змены — іншым стаў настрой народа.
У пачатку 1848 г. большасць патрыятычна настроеных італьянцаў думала аб пазбаўленні ад аўстрыйскага панавання, а ў канцы гэтага ж года галоўнай мэтай стала ўжо аб’яднанне Італіі.
Тым часам у Рыме чакалі вяртання Папы, але той не вельмі спяшаўся. Ён разумеў, што нармальнае жыццё ў горадзе адновіцца толькі праз некалькі тыдняў або нават месяцаў. Пій ІХ дабіўся таго, каб Луі Напалеон (тады яшчэ прэзідэнт Францыі) згадзіўся пакінуць французскі гарнізон у Рыме.
Пры гэтым Папа не мог дазволіць таго, каб яму дыктавалі далейшыя дзеянні. Пій ІХ не збіраўся аднаўляць дзеянне канстытуцыі Папскай вобласці 1848 года, прыняўшы рашэнне аб’явіць абмежаваную амністыю і стварыць Дзяржаўную раду і Заканадаўчую асамблею.
Толькі тады, калі французы прынялі гэтыя ўмовы, Папа згадзіўся вярнуцца ў Рым. Урачысты ўезд у горад адбыўся 12 красавіка 1850 г.
Аднак на гэты раз Папа не захацеў размясціцца ў Квірынальскім палацы, з якім былі звязаны нешчаслівыя ўспаміны 1848 года. Замест гэтага Пій ІХ накіраваўся проста ў Ватыкан. У гэты час на ўсім Апенінскім паўвостраве заставаўся вольным толькі П’емонт. Гэты рэгіён і стаў лідарам у працэсе аб’яднання Італіі.
Менш чым праз тры месяцы пасля аб’яўлення п’емонцкага караля Віктара Эмануіла каралём адзінай Італіі памёр першы італьянскі прэм’ер-міністр К. Кавур, які апошнія месяцы свайго жыцця правёў у спрэчках аб будучыні Рыма. Ён даказваў, што ўсе астатнія буйныя італьянскія гарады былі занадта незалежныя: у кожным ажыццяўлялася самакіраванне і кожны выступаў сам за сябе.
Толькі Рым, як цэнтр касцёльнага жыцця, застаўся вышэй за такое суперніцтва.
Кавур сцвярджаў, што Папу можна папрасіць адмовіцца ад свецкай улады пры ўмове, што яго незалежнасць будзе забяспечана згодна з прынцыпам «вольны Касцёл у вольнай дзяржаве».
Ідэя Кавура сутыкнулася з сур’ёзным супрацьстаяннем. Супярэчнасці паміж Святым Пасадам і Італьянскай дзяржавай існавалі і пасля ўваходу каралеўскіх войскаў у Рым у верасні 1870 года. Яны заставаліся актуальнымі да самага 1929 года, калі былі падпісаны Латэранскія пагадненні, якія прывялі да ўрэгулявання ўзаемных прэтэнзій паміж Італіяй і Святым Пасадам.
Так, Пію ІХ прыйшлося змагацца за вяртанне свецкай улады, якая была згублена ў выніку аб’яднання Італіі на чале з п’емонцкім каралём Віктарам Эмануілам ІІ.
Паслядоўнікі Пія ІХ працягнулі яго палітыку, не раз вяртаючыся да пытання супрацьстаяння паміж італьянскім урадам і Святым Пасадам, вядомага ў гісторыі як «Рымскае пытанне».
